Миграции предназначены для изменения базы данных , а не схемы. Таким образом, вы должны изменить свою схему самостоятельно.
Кроме того, для меня самый лучший и чистый способ - отредактировать схему вручную (просто удалите notnull: true в нужном столбце) и введите symfony doctrine:generate-migrations-diff. Это создаст новый класс миграции, который вы должны просмотреть и протестировать (с symfony doctrine:migrate --env=dev).