JNetPcap - это библиотека, которая позволит вам менять заголовки с нижних уровней, включая TCP
http://jnetpcap.com/node/29
Вот краткий пример:
byte[] pktBytes = FormatUtils.toByteArray("0015c672234c90e6ba92661608004500002d358c4000800600000a000b050a090028c26e270fb8b256e3a2009f785018faf01f550000746573740a");
JMemoryPacket packet = new JMemoryPacket(pktBytes);
packet.scan(Ethernet.ID); //Need to be done before doing any edits
//Editing Ip layer
Ip4 ip = packet.getHeader(new Ip4());
ip.source(new byte[] {2,6,0,0}); //Source Ip 2.6.0.0
ip.destination(new byte[] {1,2,3,4}); //Dest Ip 1.2.3.4
//Editing Tcp layer
Tcp tcp = packet.getHeader(new Tcp());
tcp.destination(5555); //Port destination 5555
if (pcap.sendPacket(packet) != Pcap.OK) {
System.err.println(pcap.getErr());
}