Вы просто пытаетесь отключить функцию на основе решения пользователя? Если это так, то есть closeHandler как часть конструктора Alert.show, с помощью которого вы можете указать, какую функцию запускать при закрытии окна предупреждения.
Alert.show("My Message", "Alert Box Title", (Alert.YES | Alert.NO), null, alertCloseHandler);
private function alertCloseHandler(event:CloseEvent){
if(event.detail == Alert.YES){
//code if they clicked yes
}
}