Один из способов сделать это - запустить командную строку windows из командного файла, а затем вызвать там скрипт оболочки, в котором есть команда, которую вы хотите запустить.
batchfile-for-cygwin.bat будет содержать
@echo off
C:\cygwin\bin\bash -li /cygdrive/c/<path-to-shell-script-location>/chmod-cmd.sh
И затем в chmod-cmd.sh вы можете просто ввести команду.
chmod 777 /home/administrator/*
С такой настройкой, я думаю, вы можете использовать ее и в MSBuild. Я использую его в скриптах Ant, и он работает для меня.