Опция компиляции при сохранении недоступна для проектов свободной формы, начиная с версии 8.0 NetBeans. И я не думаю, что это будет доступно и в будущем. Сама идея свободной формы заключается в том, что IDE ничего не знает о вашем проекте и полностью полагается на ant-скрипты и предоставляемые вами сопоставления.
Если вы не хотите создавать весь проект каждый раз, когда вносите изменения в файл, создайте цель в ant для компиляции одного файла и сопоставьте его с IDE-командой compile.single. При необходимости вы можете добавить контекстное меню для этого, хотя существующего сочетания клавиш F9 должно быть достаточно.
Подробнее о предварительной конфигурации свободной формы вы можете прочитать здесь - Расширенная конфигурация проекта свободной формы