Хорошей идеей является разделение локальных и облачных js-источников:
В почтовом файле:
cloudjs:
- //cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/d3/3.5.3/d3.min.js
- //cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/topojson/1.6.9/topojson.min.js
localjs:
- datamaps.world.min.js
- custom.js
В файле по умолчанию после включения нижнего колонтитула:
{% for js in page.cloudjs %}
<script type="text/javascript" src="{{ js }}"></script>
{% endfor %}
{% for js in page.localjs %}
<script type="text/javascript" src="{{ "/assets/scripts/" | prepend: site.baseurl | append: js }}"></script>
{% endfor %}