У вас проблема с CSS, а не проблема с jQuery. JQuery, вероятно, влияет на правильные значения CSS, однако IE отображает CSS не так, как другие браузеры, так что это, вероятно, проблема, с которой вы столкнулись.
Кроме того, в FF 3.6 он все равно не отображается корректно, так что, полагаю, у вас сейчас несколько проблем