Emacs - это текстовый редактор, он не компилирует ваш код.
Он ничего не знает (или не должен знать) о ваших библиотеках.
Однако, есть команды для запуска компилятора из Emacs, я сам никогда этого не делал, я использую компиляцию командной строки и make-файлы для больших проектов.
Я бы написал программу, используя библиотеки повышения (или любые другие библиотеки), как обычно.
Я предполагаю, что вы будете использовать GCC для компиляции, как вы используете emacs для редактирования.
При компиляции необходимо указать компилятору (GCC), где искать заголовочные файлы и библиотеки.
Например,
в вашей программе у вас будет строка типа
#include <library.h>
затем скомпилируйте его, используя
g++ myprogram.cpp -I/path/to/header/files -L/path/to/library
Если ваша программа содержит более пары файлов, я бы порекомендовал написать для нее make-файл и включить в него все необходимые флаги компилятора и пути поиска.