Нет, вы не можете. Поля в сообщениях protobuf - это всегда примитивы (в основном, числа, строки и байтовые массивы), перечисления protobuf (которые генерируются как перечисления Java) или сообщения protobuf - и, конечно же, повторяющиеся версии всех них.
Вы могли бы потенциально написать инструмент, который использовал бы отражение для создания файла .proto из класса Java, но я подозреваю, что вы найдете его быстрее, просто сделав это вручную. В частности, если вы действительно использовали отражение, вы должны убедиться, что поля всегда генерируются с одним и тем же именем, чтобы обеспечить совместимость. Одна вещь, которую вы могли бы сделать, это комментировать классы Java и писать код для генерации файла .proto на основе этих аннотаций - или даже потенциально сериализовать напрямую в формат прото с использованием аннотаций. Лично я бы рекомендовал создавать файл .proto некоторым способом, а не эффективно переписывать проект PB - в противном случае существует значительный риск появления ошибок там, где уже полностью протестирован код.
Если вы создадите систему аннотаций, я уверен, что Кентон Варда (и остальная часть сообщества PB) были бы заинтересованы в ее просмотре.