Это зависит от того, что приложение, которое редактирует файл, делает с ним. В этом случае поведение вашего редактора при сохранении файла заключается в удалении старого файла и записи нового содержимого в виде нового файла с тем же именем. С точки зрения inotify, это именно то, что происходит, поэтому он запускает событие удаления, а затем событие создания. Inotify не может знать, что файл, который был удален, и файл, который был создан на его месте, логически связаны.