В файле application.xml раскомментируйте и установите:
<systemChrome>none</systemChrome>
и
<transparent>true</transparent>
Затем нарисуйте все, что вы хотите для оконных элементов управления. Вам придется реализовать собственное перетаскивание IIRC, а также выполнить соответствующие вызовы AIR API для минимизации и максимизации.