Одним из возможных решений является добавление ярлыка в виде файла .lnk и включение его в качестве обычного файла в папку Desktop во время установки.
<Directory Id="DesktopFolder" Name="Desktop">
<Component Id="MyProductDesktopShortcut" Guid="A47E6BEB-C7D6-4725-A94F-C6C52A55F31C">
<RegistryKey Root="HKCU" Key="Software\MyProduct\DesktopShortcut" Action="createAndRemoveOnUninstall">
<RegistryValue Name="DTSC" Value="1" Type="integer" KeyPath="yes" />
</RegistryKey>
<File Id="MyProductDesktopShortcutFile" Name="MyProduct.lnk" Source="MyProduct.lnk" DiskId="1" />
</Component>
</Directory>
Недостаток: Значок зарегистрированв файле .lnk будет неправильным, если приложение будет установлено в другой каталог, чем ожидалось.В этом случае это приведет к появлению значка папки по умолчанию и правильному значку после перехода к этому виртуальному диску.