Я предполагаю, что это в каталоге, который не является рутом? На / в начале вашего URL будет взята ссылка на корень сайта. Я бы предположил, что вам нужно поместить некоторую логику в начало URL-адреса, чтобы правильно его построить.
Так что-то вроде этого:
string goBackLinkForErrorMessage = "<br /><a href=" + Request.ApplicationPath.TrimEnd('/') + "'/MyController/Action?id=" + blah + "'>Go Back</a>";
Вы захотите оставить TrimEnd в конце этого пути приложения для случаев, когда он является корневым.
Многое из этого было сделано на предположениях, потому что "это не работает" не совсем ясно.