Насколько я понимаю, command
запускает некоторый фоновый процесс, который, возможно, запишет некоторые выходные данные в терминал позже. Если command
завершится раньше, сеанс ssh будет прерван, и для фоновой программы не будет терминала для записи.
Одно простое и наивное решение - просто спать достаточно долго
ssh user@ip "command; sleep 30m" >> /myfile
Лучшим решением, чем сон, было бы дождаться завершения фонового процесса (процессов) более разумным способом, но это невозможно сказать без дополнительных подробностей.