Копирование каталога .hg является полностью допустимым способом сделать это.
ПРИМЕЧАНИЕ: Возможно, вы захотите исключить, удалить или отредактировать файл .hg/hgrc, если он у вас есть, поскольку он может содержать абсолютный путь к исходному расположению хранилища.
Вы также можете инициализировать пустой репозиторий на удаленном сервере, убедиться, что права на запись настроены правильно, и затем запустить hg push https://wherever. Я не измерял, но думаю, что этот метод будет медленнее.