Сохраните свой объект аннотации где-нибудь, и когда вы хотите удалить его, просто вызовите метод -removeAnnotation:
с ним:
[mapView removeAnnotation: annotationObject];
Обратите также внимание, что если вы установите для свойства showsUserLocation
вида карты значение YES, оно будет автоматически отслеживать местоположение пользователя с помощью базовых сервисов Location Location и отображать его на карте.