Я знаю, что это было несколько лет назад, но я подумал, что дам ответ о том, как я решил эту точно такую же проблему. Я только публикую этот ответ здесь, так как поиск этой проблемы появился в верхней части результатов Google, поэтому я не публикую некоторые бесполезные SO точки.
Раньше я создавал проекты ZF в Zend Studio, и это создавало для меня базовую структуру приложения с папками public, application, library и т. Д. Однажды я случайно удалил ZFDoctrine, который был у меня в пути Zend Framework. Несколько недель спустя, когда я пошел создавать новый проект ZF, Zend Studio создал новый проект без привычной базовой структуры приложения. Я не получил никаких ошибок или предупреждений, поэтому я попытался создать тот же проект с помощью инструмента zf Zend. В командной строке я получил несколько предупреждений о том, что ZFDoctrine не будет загружаться. Поэтому я вернул ZFDoctrine в путь к моей библиотеке, и проблема исчезла. Короче говоря, это, наверное, что-то на пути к библиотеке.