Вы можете использовать функцию array_diff
для возврата значений, которые присутствуют в первом массиве, а не во втором.
Как пример, в вашей ситуации эта часть кода:
$cafeid = array(1,2,3,4,5,6,7);
$checkid = array(1,3,5);
var_dump(array_diff($cafeid, $checkid));
даст вам такой вывод:
array
1 => int 2
3 => int 4
5 => int 6
6 => int 7
Как совет: есть много полезных функций, которые позволяют манипулировать массивами и работать с ними; Вы должны быстро взглянуть на список этих функций: Функции массива .
Я почти уверен, что это будет полезно в тот или иной день; -)