Я бы согласился с другими ответами в том, что не существует серебряной пули для безопасности или простой инфраструктуры, которую вы просто подключаете и тада, у вас включена защита. Посетите сайт OWASP , который является отличным ресурсом для изучения вопросов безопасности.
И полное понимание безопасности самостоятельно (а не делегирование безопасности фреймворкам) в конечном итоге сделает ваше приложение более безопасным. Например, JSF по умолчанию предотвращает большинство (если не все?) Атак типа XSS, но вы можете переопределить эту функцию, возможно, не осознавая последствий для безопасности, и вдруг ваш код JSF будет открыт.
Поскольку никто не упомянул об этом, может помочь статический анализ кода. Проверьте такие вещи, как Findbugs, PMD и checkstyle среди других для базового и бесплатного анализа кода. Или перейдите на что-то более тяжелое, например Fortify , которое специально разработано для обнаружения уязвимостей в вашем приложении.