Этот вопрос мне кажется немного расплывчатым, я не уверен, что вы спрашиваете. Обычно вы используете что-то вроде этого:
open my $file, "<:encoding(cp-932)", "JapaneseFile.txt"
чтобы открыть файл с японскими символами. Затем Perl автоматически преобразует его во внутренний формат Unicode.