Таймер cron также сработает, если ваше приложение не запущено, а таймеры EJB будут остановлены. Кроме того, вы можете выполнять более сложные операции изнутри вашего приложения, чем из cron.
Если вам просто нужно запустить внешний процесс с помощью cron, используйте cron.
Если вам нужен доступ к внутренним структурам данных (копирование данных из / в БД, отправка сообщений, запуск событий), затем используйте таймер EJB.