На мой взгляд, папки и пространства имен служат для разных целей.
Папки полезны для обеспечения четкой иерархии для людей, которые читают ваш код
Пространства имен полезны для обеспечения четкой иерархии для людей, которые используют ваш код. Например. вызов API, предоставляемого вашим кодом, когда они не видят фактический исходный код.
Следовательно, несоответствие прекрасно, если каждый имеет смысл.