Из того, что вы описываете (делая изменения в извлеченной ветке, затем пытаясь зафиксировать их в транке, копируя их на уровне файловой системы), вы пытаетесь обойти SVN, работая против него, вместо того, чтобы работать с это.
Я предлагаю вам начать с чтения наиболее важных глав Книга SVN , чтобы ознакомиться с тем, как предполагается использовать SVN. Это не должно занять больше времени, чем несколько часов, и, скорее всего, окупится в течение нескольких дней. Когда вам придется работать с SVN, работа с it, а не против it, избавит вас от многих проблем в долгосрочной перспективе.