Не должно быть проблем с объединением репозиториев .git и .svn так, как вы предлагаете.
Я рекомендую добавлять .svn
в файл .gitignore для каждого git-репо, используемого таким образом.
Вам нужна стратегия для предотвращения приватных изменений, идущих вверх по течению в git hub. Например, сохраните все это в отдельной ветке, с которой вы можете выполнить обратное слияние ребаз перед загрузкой, а затем отменить ее.