У меня была похожая проблема, когда у меня была 1 папка, которая, несмотря на то, что была удалена с жесткого диска, по-прежнему отображалась как в Source Control (с зеленым + в папке). Он также показал мне содержимое, но если я попытался открыть какой-либо, сообщение об ошибке сообщило мне, что файл не там.
Нажатие на любую папку не показало кнопку удаления. Затем я понял, что выбор файла сделал! Если у вас нет файла, создайте текстовый файл и добавьте его в папку, которую вы хотите удалить (с помощью Source Control). Нажмите на этот файл, обратите внимание на удаление шоу. Выберите папку и обратите внимание, что удаление исчезает, но только через полсекунды. Эта небольшая задержка действительно применима.
Я щелкнул по файлу, поэтому кнопка удаления включена, и наведите курсор мыши над кнопкой удаления. Используя клавиатуру, я сделал CTRL + A , и как только все файлы и папки были выбраны, я щелкнул левой кнопкой мыши. И это сработало! Все было удалено, включая (и это странно) родительскую папку.