Да YUI3 использует объект YUI, jQuery использует $. Например, вы можете использовать тестовый модуль YUI 3, а внутри него использовать $ для манипулирования / обхода DOM (я думаю, что jQuery действительно хорош для этих целей), например, вы можете сделать:
YUI().use("test", function(){
test : function() {
$('div li').addClass("example");
Y.Assert.areEqual("example", $('div li').attr("class"));
}
});