Библиотека libsqlite3.dylib будет символической ссылкой на последнюю версию, поддерживаемую в вашей установке XCode. Таким образом, всякий раз, когда вы устанавливаете последнюю версию Xcode и перекомпилируете свое приложение, вы получаете последнюю установленную библиотеку 3.x бесплатно.
Это может включать как улучшения производительности, так и функциональности, но также может включать и новые ошибки. Вы можете выбрать конкретную версию, то есть libsqlite3.0.dylib, если хотите обезопасить ее.