если ваш api.example.com предназначен для использования другими сайтами, у вас должна быть система аутентификации на api.example.com (http basic + ssl, http digest, oauth и т. Д.), Которая используется в качестве примера .com.
example.com не должен управлять пользователем (создание, аутентификация и т. Д.), А только ретранслировать на api.example (возможно, использовать сеанс для хранения учетных данных пользователя api.example.com).
но example.com должен управлять пользовательскими настройками, если эти настройки относятся только к example.com