ILMerge хорошо работает , и делает это, по большей части.
Имейте в виду, что существуют проблемы, если вы делаете это со сборками WPF, содержащими Xaml. Я подозреваю, что проекты Workflow 4 могут иметь те же проблемы. Встроенный Xaml неправильно объединен с ILMerge.
Однако есть некоторые коммерческие инструменты для поддержки объединения сборок с проектами WPF, включая .NET Reactor и SmartAssembly .