Вы пытались передать объект сеанса из вашего HttpModule в конструктор фильтров и таким образом хранить ссылку?
Обычно я никогда бы не рассчитывал на доступ к HttpContext.Current в моих фильтрах, но передавал необходимые значения через конструктор или устанавливал некоторые свойства, прежде чем назначить его в Response.Filter.Это отделяет вещи и делает их более ремонтопригодными.