Одним из подходов может быть создание двух новых DateTimes из ваших значений, которые вы хотите сравнить, но игнорируйте все, начиная с секунд и затем сравнивайте их:
DateTime compare1 = new DateTime(year1, month1, day1, hour1, minute1, 0);
DateTime compare2 = new DateTime(year2, month2, day2, hour2, minute2, 0);
int result = DateTime.Compare(compare1, compare2);
Я бы первым признал, что это не элегантно, но решает проблему.