Помимо добавления стиля CSS background-color:transparent;
к элементу тела документа iframe, вам также потребуется добавить атрибут allowtransparency
к элементу iframe в содержащем документе.
См. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms533072(VS.85).aspx для получения дополнительной информации.
Если вы не можете изменить документ iframe, вам не повезло. Может быть, есть другой источник, который вы можете использовать для данных, который предоставляет его в другом формате, например, XML или JSON?