Вы должны структурировать свои XML-документы так же, как вы структурировали бы свой класс в коде. Так как население городов является собственностью самого города - оно должно быть дочерним звеном городского узла. Я бы пошел на 2-й структуры.
Плюс, это больше мнемоника о ваших объектах. Например, неясно, какие «сущности» остаются в вашем втором решении.
Плюс у него меньше повторений данных, так как вы должны указать страну = Канаду в каждом субъекте. Я хотел бы изменить вам первое решение, хотя. Поместите элемент Country в коллекцию:
<countries>
<country>
<name>Canada</name>
<cities>
<city>
<name>Toronto</name>
<population>1423200</population>
</city>
<city>
<name>Ottawa</name>
<population>1423200</population>
</city>
</cities>
</country>
</countries>
Это поможет вам позже расширить ваши данные.
РЕДАКТИРОВАТЬ: В общем, когда у вас есть повторение объектов, лучше обернуть их в элемент «коллекции». Это хорошая практика, поскольку вы можете добавлять свойства в саму коллекцию и некоторые другие преимущества - вам не нужно будет повторять элементы родителей и выбирать, какой из них принадлежит к тому же типу.