Tomcat поддерживает в зависимости от его версии:
JSTL 1.0 : Servlet 2.3 : JSP 1,2 (tomcat 4)
JSTL 1.1 : Servlet 2.4 : JSP 2.0 (tomcat 5)
JSTL 1.2 : Servlet 2.5 : JSP 2.1 (tomcat 6)
То, что tomcat не поддерживает EJB по умолчанию, уже получено.
EasyBeans охватывает эту проблему.
Для включения JSF 1.2 в tomcat6 существует учебник
EDIT:
К сожалению, нет единой матрицы зависимостей (/ совместимости).
JPA - это API, который реализуется, например, Hibernate. Не должно быть трудно узнать, какие версии соответствуют. И да, они могут быть использованы с Tomcat (помимо) Spring.