Да, это возможно. Например, вы можете синхронизировать только записи, относящиеся к определенному хранилищу, а не все изменения в таблице хранилищ.
Это делается путем добавления параметра в коллекцию SyncParameters. например,
m_SyncAgent.Configuration.SyncParameters.Add ("@ ParamName", paramValue)
При этом данные параметров будут передаваться на серверную часть процесса синхронизации, которую затем можно использовать для синхронизации только тех данных, которые вы хотите включить.