В вашей папке с файлами не должно быть постоянных js-файлов. Либо они должны быть в вашей теме, либо в модуле, который их использует. Папка files предназначена для загружаемых файлов и других файлов, которые Drupal создает на лету.
Причина вашей проблемы, вероятно, в том, что у Drupal есть доступ на запись в папку, в которую вы поместили файлы, и он очищается в ней, поскольку используется только для сжатий. Вы должны дважды подумать о том, в какие файлы вы позволяете друпалу писать. Предоставление Drupal права на запись в файл сценария, который вы используете, является дополнительной угрозой безопасности.
Как правило, вы не хотите, чтобы Drupal записывал файлы js или php. Это потому, что если взломщик сможет заставить Drupal писать в эти файлы, он сможет более или менее получить контроль над всем вашим сайтом. Именно поэтому сжатые js-файлы, которые использует drupal, имеют длинное и случайное имя.
Итак, попробуйте переместить эти файлы в вашу тему и посмотрите, не поможет ли это. Если вы хотите дать ссылку на них, вы можете сделать
drupal_add_js(drupal_get_path('theme', 'name_of_your_theme') . 'path/to/file.js');