Версия, которая не работает правильно, определяется как XHTML. Это означает, что <!--
всегда будет открывать комментарий, даже внутри тега скрипта.
Вы можете удалить тег комментария, так как он не нужен, и вы должны поместить содержимое тега script в блок CDATA:
<script type="text/javascript">
<![CDATA[
// script goes here
]]>
</script>