Если базы данных находятся на одном сервере и ваш пользователь имеет доступ к ним обоим, вы можете использовать полный путь - ВЫБЕРИТЕ имя_базы_данных.имя_таблицы.col_name ...
В противном случае у вас нет шансов присоединиться к ним из-за принципа. Объединение выполняется SQL-сервером, который должен войти в другую базу данных ...
В Oracle есть функция DBLink ..., которая дает возможность связывать другие таблицы / представления с другого сервера. Не уверен насчет MySQL.
Для выполнения запросов с использованием различных адаптеров вы можете использовать:
$select1 = new Zend_Db_Select($adapter1);
$select2 = new Zend_Db_Select($adapter2);
Но опять же, вы все еще ограничены в таких вещах, как объединение этих двух ... Вы не можете сделать это из-за самой природы работы базы данных