Ну, это зависит от того, что вы делаете.
Для большинства проектов вполне достаточно ориентироваться на профиль клиента. Вы уже описали преимущества: более быстрая установка и меньше данных для загрузки во время установки .NET Framework.
Только если вам нужны классы, в основном используемые на серверах, вы должны вручную перейти на «полную» версию.
Вот мое предположение:
Однако, поскольку большинство разработчиков, которые не знают, что он делает, не изменяют состояние по умолчанию, состояние по умолчанию - это Профиль клиента - у него нет реальных недостатков, если вам не нужны «продвинутые» классы.
Поэтому, если ваш проект будет работать на платформе «Профиль клиента», вы должны ориентироваться на него - некоторые пользователи, у которых еще не установлен .NET Framework, получат от этого выгоду.
Другие не заметят, так как «Профиль клиента» является подмножеством «полного» .NET и полностью совместим.