Проверьте конфигурацию apache и убедитесь, что для каталога, в котором вы храните установку Wordpress, включены следующие параметры (возможно, у вас будет больше параметров конфигурации для конкретного каталога, но это минимум, необходимый для необычных постоянных ссылок Wordpress):
<Directory var/www/>
FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>