У меня возникла похожая проблема - я получал именно эту ошибку при попытке опубликовать. Мое решение будет построено и запущено, но я не смог опубликовать веб-проект. Я не ссылался на Microsoft.Office.Server.Search ни в одном проекте, но ссылался на Microsoft.Office.Server в четырех из них, на которые в свою очередь ссылался мой проект веб-сайта. Вопреки предыдущему ответу, я нацеливаюсь на Release - Любой процессор, и это не вызвало никаких проблем.
Я вошел в каждый проект, ссылающийся на Microsoft.Office.Server, и установил для свойства Copy Local значение false для сборки Microsoft.Office.Server. Я тогда смог построить и опубликовать. Затем я установил для всех копий значение «Верно», и оно было создано и опубликовано.