ИМНШО, лучше хранить каждый проект в своем собственном репозитории, хотя бы просто для того, чтобы номера ревизий были разделены между ними. Если foo проекта не менялась в течение шести месяцев, но панель проекта находится в активной разработке, почему текущий номер версии foo должен меняться. Возможно, исключение, если они тесно связаны (например, у них общая библиотека), но даже тогда, возможно, библиотека должна быть и собственным проектом.
Бинарные активы вообще когда-либо меняются или они статичны? Если они статичны, возможно, вы вообще не хотите, чтобы они были в репозиториях (просто оставьте там небольшой заполнитель).