Что касается сертификатов, вы можете взглянуть на библиотеку as3crypto , которая делает потрясающую работу по реализации различных криптографических алгоритмов и алгоритмов безопасности в AS3. Я использовал эту конкретную библиотеку для подписывания и проверки данных, используя внешний сертификат X.509.
Реализация в этой библиотеке довольно проста, и вы не должны смущаться, если вы немного знакомы с криптографией и всем миром ключей / подписей / сертификатов.
[Редактировать] Если нет, возможно, вы захотите взглянуть на страницу Цифровая подпись в Википедии, которая является довольно хорошим знакомством с этим миром. Кроме того, поскольку реализация RSA в AS3 довольно медленная, если вы хотите подписать большое количество данных, вы можете подписать хеш данных вместо реальных данных. Для практического кода для такого рода вещей есть пример кода в демо библиотеки.
Кроме того, поскольку вы упоминаете, что ваш сертификат поступает с USB-накопителя, вы должны знать, что, используя AIR 2.0, вы сможете отслеживать подключение и отключение устройств хранения данных. Это может быть здорово для вашего приложения.