Файловая система не является хорошим решением для кэширования (если у вас нет карты FusioIO).
Как правило, задержка при чтении файла с диска намного выше, чем у системы кэширования, такой как Memcache или APC.
Существует также возможность использования Sphinx или Lucene для периодического индексирования базы данных, возвращая результаты намного быстрее, чем стандартный MySQL.