В прошлом я работал над системой SAN с телефонными аудиозаписями, у которых были проблемы с количеством файлов в одной папке - эта система стала непригодной для использования где-то около 5000 (на Windows 2000 Advanced Server с приложением в C # .Net 1.1) - единственное разумное решение, которое мы придумали, - это изменить структуру папок, чтобы было более разумное количество файлов. Интересно, что Explorer тоже будет отключен!
Соглашение, которое мы придумали, было структурой, которая разбивала структуру на годы, месяцы и дни, но это будет зависеть от вашей системы и от того, сможете ли вы управлять структурой каталогов ...