Было бы намного лучше обернуть функциональность другого приложения в веб-сервис. Это обеспечит вам небольшой уровень изоляции от любых изменений в интерфейсе вызываемого приложения (например, дополнительные элементы в теле формы).
При этом, как указано в другом ответе, аутентификация и шифрование важны. Однако в действительности он не будет более или менее безопасным, чем просто использование другого приложения непосредственно через его пользовательский интерфейс.
Редактировать: Существует по крайней мере одна ситуация, которая может привести к тому, что новый сценарий будет менее безопасным, чем старый. Если вызываемое приложение использует чисто клиентскую проверку входных данных (плохая идея), вам придется дублировать эту проверку при выполнении перекрестной публикации.