.NET Compact Framework - это подмножество полной .NET Framework с некоторыми дополнительными тонкостями для мобильной разработки. Если вы хотите скомпилировать библиотеку для Windows и Windows Phone, вам нужно создать свой код для каждой платформы.
Вы все еще можете использовать большую часть того же кода, который вы использовали для своей библиотеки .NET, но вам нужно будет использовать символы препроцессора и условную компиляцию, чтобы исключить функциональность для рабочего стола (или телефона), которая не поддерживается в других рамках.
Для этого: создайте два проекта. Один проект будет содержать все ваши файлы, предназначенные для платформы рабочего стола. Другой будет содержать связанные версии ваших файлов для компактной платформы. Вы можете определять символы в каждом проекте для запуска условно скомпилированных блоков кода.
Это означает, что любые инвестиции, которые вы уже вложили в .NET, будут легко переведены в мир Windows Phone, но вы также хотите быть уверены, что характеристики вашей библиотеки будут легко поддерживаться менее мощным устройством.
Удачи!