Я дошел до сути, и это не имеет ничего общего с Interface Builder. Ошибка IB исходила от плагина IB PSMTabBarControl.
Для всех, кто сталкивается с этим, в PSMOverflowPopUpButton.m изменилось:
[aCoder encodeInteger:_myTrackingRectTag forKey:@"myTrackingRectTag"];
до
[aCoder encodeInt64:_myTrackingRectTag forKey:@"myTrackingRectTag"];
и
_myTrackingRectTag = [aDecoder decodeIntegerForKey:@"myTrackingRectTag"];
до
_myTrackingRectTag = [aDecoder decodeInt64ForKey:@"myTrackingRectTag"];
решил эту проблему для меня, и теперь он работает для архитектур i386 и x86_64.