Я не уверен, что точно понял, что вы хотите, но вот подход
x<-c(1,2,3,4,5,6,7,40,1,2,3,21,4,1,23,4,43,23,4,12,3,43,5,36,3,45,12,31,3,4,23,41,23,5,53,45,3,7,6,36)
first2 <- which(x==2)[1]
first40 <- which(x>=40)[1]
first40 - first2 - 1
> 5
sec2 <- which(x==2)[2]
sec40 <- which(x>=40)[2]
sec40 - sec2 - 1
> 6