В моей версии Netbeans (6.9.1 на Win 7) в разделе Свойства проекта -> Источник нет кнопки для ввода шаблонов исключений.
Вам нужно перейти в Сервис -> Параметры -> Разное -> Файлы и добавить необходимые имена файлов или расширения в разделе «Файлы, игнорируемые IDE» в поле Шаблон игнорируемых файлов.
Для игнорирования всей папки, она (в моей версии) находится на экране свойств проекта, но не в разделе Источники; вместо этого посмотрите на категорию «Игнорируемые папки».